Harry Potter e o Enigma do Príncipe dá continuidade à saga do jovem bruxo Harry Potter a partir do ponto onde o livro anterior parou, o momento em que fica provado que o poder de Voldemort e dos Comensais da Morte, seus seguidores, cresce mais a cada dia, em meio à batalha entre o bem e o mal. A onda de terror provocada pelo Lorde das Trevas estaria afetando, até mesmo, o mundo dos trouxas (não-bruxos), e sendo agravada pela ação dos dementadores, criaturas mágicas aterrorizantes que “sugam” a esperança e a felicidade das pessoas. Harry, que acabou de completar 16 anos, parte rumo ao sexto ano na Escola de Magia e Bruxaria de Hogwarts, animado e, ao mesmo tempo, apreensivo com a perspectiva de ter aulas particulares com o professor Dumbledore, o diretor da escola e o bruxo mais respeitado em toda comunidade mágica.
Harry, longe de ser aquele menino magricela que vivia no quarto debaixo da escada na casa dos tios trouxas, é um dos principais nomes entre aqueles que lutam contra Voldemort, e se vê cada vez mais isolado à medida que os rumores de que ele é O Eleito, o único capaz de derrotar o Lorde das Trevas, se espalham pelo mundo dos bruxos. Dois atentados contra a vida de estudantes, a certeza de Harry quanto ao envolvimento de Draco Malfoy com os Comensais da Morte e o comportamento de Snape, suspeito como sempre, adicionam ainda mais tensão ao já inquietante período.
Apesar de tudo isso, Harry e os amigos são adolescentes típicos: dividem tarefas escolares e dormitórios bagunçados, correm das aulas para os treinos de quadribol, e namoram. Rony e Hermione os melhores amigos de Harry, se dão conta (finalmente!) da atração que sentem um pelo outro; Harry e Gina, a irmã mais nova de Rony, também.