Ao acordar dentro de um escuro elevador em movimento, a única coisa que Thomas consegue lembrar é de seu nome. Sua memória está completamente apagada. Mas ele não está sozinho.

Quando a caixa metálica chega a seu destino e as portas se abrem, Thomas se vê rodeado por garotos que o acolhem e o apresentam à Clareira, um espaço aberto cercado por muros gigantescos. Assim como Thomas, nenhum deles sabe como foi parar ali, nem por quê. Sabem apenas que todas as manhãs as portas de pedra do Labirinto que os cerca se abrem, e, à noite, se fecham. E que a cada trinta dias um novo garoto é entregue pelo elevador. Porém, um fato altera de forma radical a rotina do lugar – chega uma garota, a primeira enviada à Clareira. E mais surpreendente ainda é a mensagem que ela traz consigo.

Thomas será mais importante do que imagina, mas para isso terá de descobrir os sombrios segredos guardados em sua mente e correr, correr muito.